Банк стволовых клеток человека - отдельное образование или подразделение в составе медицинского центра, в котором выполняются трансплантации. Основной задачей банка стволовых клеток человека является обработка (уменьшение объема замораживаемого образца, удаление не определяющих дальнейшее применение клеточных элементов, смешивание с криоконсервантом) и длительное, практически не ограниченное во времени, хранение ранее заготовленных стволовых клеток, вне зависимости от источника их получения.

В зависимости от источника и планируемого применения стволовых клеток в составе банка стволовых клеток человека возможно создание нескольких отделов: криоконсервирования пуповинной крови, криоконсервирования аутологичных клеток костного мозга; криоконсервирования аутологичных стволовых гемопоэтических клеток, источником которых может быть костный мозг и периферическая кровь пациентов. Отдел криоконсервирования стволовых клеток донора, заготавливаемых для конкретного реципиента, при невозможности выполнения трансплантации непосредственно после их заготовки. Перед началом заготовки аллогенных стволовых клеток должно быть выполнено типирование пар донор-реципиент по системе антигенов гистосовместимости человека I и II класса. Процедура получения стволовых клеток от донора не отличается от заготовки аутологичных стволовых клеток.

Одним из подразделений банков стволовых клеток являются исследовательские лаборатории, обеспечивающие развитие клеточных технологий применительно к основным возможным аспектам использования стволовых клеток. В этих лабораториях проводятся работы по наращиванию клеточной массы или индукции направленной дифференцировки стволовых клеток в системе in vitro. Банки эмбриональных стволовых клеток - это, собственно, те лаборатории, в которых проводят изучение клеток, а также поддержание клонов эмбриональных стволовых клеток.